Quelles sont les conséquences des congés de longue maladie, congés de longue durée et du temps partiel thérapeutique sur les traitements bruts, NBI et indemnités (IFTS, IEMP, IAT, PFA) ? - Septembre 2011

Nota : Cette fiche a été élaborée en réponse à une question spécifique. Toute transposition à d'autres situations doit être faite avec précaution. Les commentaires s'appuient sur la réglementation en vigueur au 30 septembre 2011.

  • Question
Quelles sont les conséquences des congés de longue maladie, congés de longue durée et du temps partiel thérapeutique sur les traitements bruts, NBI et indemnités (IFTS, IEMP, IAT, PFA)?


  • Réponse

L’article 57 de la loi n°84-53 du 26 janvier 1984 [1] prévoit les congés de maladie auxquels peut prétendre un fonctionnaire en activité.

Ainsi, le fonctionnaire en activité a notamment droit :


"3° A des congés de longue maladie d'une durée maximale de trois ans dans les cas où il est constaté que la maladie met l'intéressé dans l'impossibilité d'exercer ses fonctions, rend nécessaires un traitement et des soins prolongés et présente un caractère invalidant et de gravité confirmée. Le fonctionnaire conserve l'intégralité de son traitement pendant un an ; le traitement est réduit de moitié pendant les deux années qui suivent. L'intéressé conserve, en outre, ses droits à la totalité du supplément familial de traitement et de l'indemnité de résidence. (...)

4° A un congé de longue durée, en cas de tuberculose, maladie mentale, affection cancéreuse, poliomyélite ou déficit immunitaire grave et acquis, de trois ans à plein traitement et de deux ans à demi-traitement. Le fonctionnaire conserve ses droits à la totalité du supplément familial de traitement et de l'indemnité de résidence. (...)

4° bis. Après six mois consécutifs de congé de maladie pour une même affection, après un congé de longue maladie ou un congé de longue durée, les fonctionnaires peuvent être autorisés, après avis du comité médical compétent, à accomplir un service à temps partiel pour raison thérapeutique, accordé pour une période de trois mois renouvelable dans la limite d'un an pour une même affection. (...)

Les fonctionnaires autorisés à travailler à temps partiel pour raison thérapeutique perçoivent l'intégralité de leur traitement".


A - Les congés de longue maladie

1- Le traitement, le supplément familial de traitement (SFT) et l’indemnité de résidence (IR)

Conformément aux dispositions de l’article 57 précité, le fonctionnaire en congé de longue maladie conserve l’intégralité de son traitement pendant un an puis la moitié de ce traitement pendant les deux années qui suivent. Il conserve, par ailleurs, l’intégralité du SFT et de l’IR.

2- La nouvelle bonification indiciaire (NBI)

En application de l’article 2 du décret n°93-863 du 18 juin 1993 [2] "le bénéfice de la nouvelle bonification indiciaire est maintenu aux fonctionnaires dans les mêmes proportions que le traitement pendant la durée des congés mentionnés aux 1°, 2° et 5° de l'article 57 de la loi du 26 janvier 1984 modifiée susvisée ainsi qu'au 3° de ce même article tant que l'agent n'est pas remplacé dans ses fonctions."

Par conséquent, en cas de congé de longue maladie, la NBI est maintenue dans les mêmes proportions que le traitement tant que l’agent n’est pas remplacé dans ses fonctions. En cas de remplacement de l’agent, il ne peut plus prétendre au bénéfice de la NBI.

3- Le régime indemnitaire

L’article 57 précité ne règle pas le sort du régime indemnitaire en cas d’absence pour maladie.

Par ailleurs, si le décret n°2010-997 du 26 août 2010 [3] fixe les dispositions relatives au maintien des primes et indemnités des agents publics de l'Etat et des magistrats de l'ordre judiciaire dans certaines situations de congés et notamment en maladie ordinaire, les principes définis dans ce texte n’ont pas été transposés dans la fonction publique territoriale.

Ainsi, convient-il, le cas échéant, de se référer aux textes instituant les primes et indemnités.

- L’indemnité horaire pour travaux supplémentaires (IHTS) : Aux termes de l’ article 2 du décret n°2002-60 du 14 janvier 2002 [4] , "les indemnités horaires pour travaux supplémentaires peuvent être versées, dès lors qu'ils exercent des fonctions ou appartiennent à des corps, grades ou emplois dont les missions impliquent la réalisation effective d'heures supplémentaires, aux fonctionnaires de catégorie C et aux fonctionnaires de catégorie B."

- L’indemnité forfaitaire de travaux supplémentaires (IFTS) : Le décret n°2002-63 du 14 janvier 2002 [5] ne prévoit pas le maintien du versement de l’IFTS aux agents placés en congé de maladie. Par ailleurs, l’article 3 dudit décret indique que le montant de l’IFTS "varie suivant le supplément de travail fourni et l’importance des sujétions auxquels le bénéficiaire est appelé à faire face dans l’exercice effectif de ses fonctions".

Ainsi, il a été jugé que ces indemnités constituaient des indemnités liées à l’exercice des fonctions dont le versement devait être suspendu à un agent en congé pour des raisons de maladie (CE, 11 septembre 2006, 252517).

- L’indemnité d’administration et de technicité (IAT) : Le décret n°2002-61 du 14 janvier 2002 [6] ne prévoit pas expressément le maintien du versement de l’IAT aux agents placés en congé de maladie. Toutefois, le conseil d’Etat a considéré dans un arrêt du 12 juillet 2006 (CE, 12 juillet 2006, Syndicat CGT des personnels de la préfecture de police, n°274628) que "l'indemnité d'administration et de technicité et l'indemnité forfaitaire de travaux supplémentaires, qui sont liées à l'exercice effectif des fonctions, ne sauraient être regardées comme constituant des éléments du traitement devant être maintenu, dans le cas où les agents qui en bénéficient sont absents pour congés de maladie (…); "

- L’indemnité d’exercice des missions de préfecture (IEMP) : Le décret n°97-1223 du 26 décembre 1997 [7] ne prévoit pas expressément le maintien du versement de l’IEMP aux agents placés en congé de maladie.

- La prime de fin d’année : Si cette prime, dont la nature exacte n’est pas précisée dans la saisine, est un avantage collectivement acquis, il y a lieu de faire application des dispositions de l’article 111 de la loi n°84-53. Or cet article ne règle pas le sort de ces primes en cas d’absence pour maladie.

Le Conseil d’Etat a considéré, dans un arrêt du 10 janvier 2003 (CE,10 janvier 2003, n°221334), qu’en l’absence de dispositions législatives et réglementaires prévoyant son maintien, un agent ne peut pas prétendre au versement de son régime indemnitaire durant sa période de congés de maladie.

Enfin, récemment, il a estimé que le versement d’une indemnité liée à l’exercice effectif des fonctions au cours des congés de maternité et de maladie constitue une faculté laissée à l'appréciation de l'administration dans chaque circonstance d'espèce (Conseil d'Etat n°311290 du 22 février 2010).

Ainsi, conformément aux principes généraux posés par l’article 20 de la loi n°83-634 du 13 juillet 1983 [8] qui subordonne les droits à rémunération des fonctionnaires à l’accomplissement du service, la poursuite du versement d’éléments de régime indemnitaire aux agents absents pour indisponibilité physique doit reposer sur les dispositions prévues par les textes instituant les primes et indemnités ou, à défaut, sur les dispositions de la délibération prise par l’organe délibérant en vertu de l’article 88 de la loi n°84-53 et des articles 1er et 2 du décret n°91-875 du 6 septembre 1991 [9].

Par conséquent, dans la mesure où le texte institutif des primes respectives perçues par un agent ne règle pas le sort de ses modalités de versement en cas d'absence pour maladie, il convient de se référer à la délibération prise par la collectivité laquelle peut s’inspirer des dispositions du décret n°2010-997 précité.

Dans le cas où une délibération maintient expressément le versement des primes concernées en cas d'absence pour maladie, le comptable est fondé à effectuer le versement du régime indemnitaire de l'agent. A défaut, il est fondé à en suspendre le versement.


B - Les congés de longue durée

1- Le traitement, le supplément familial de traitement (SFT) et l’indemnité de résidence (IR)

Il résulte des dispositions précitées que le fonctionnaire en congé de longue durée conserve l’intégralité de son traitement pendant trois ans puis la moitié de son traitement pendant les deux années suivantes. Il conserve, par ailleurs, l’intégralité du SFT et de l’IR.

2- La NBI

Les congés de longue durée ne sont pas visés par l’article 2 du décret n°93-863 précité. Les périodes de congés de longue durée n’ouvrent donc pas droit au bénéfice de la NBI.

3- Le régime indemnitaire

Les dispositions développées dans la partie relative aux congés de longue maladie ont également vocation à s’appliquer aux congés de longue durée.


C - Le service à temps partiel pour raison thérapeutique

1- Le traitement, le SFT et l’IR

Les fonctionnaires autorisés à travailler à temps partiel pour raison thérapeutique perçoivent "l'intégralité de leur traitement", par dérogation aux dispositions de droit commun applicables aux agents à temps partiel.

Une circulaire ministérielle du 1er juin 2007 de la DGAFP précise ainsi que le "fonctionnaire réintégré à temps partiel thérapeutique, quelle que soit la quotité accordée, perçoit l'intégralité de son traitement, du supplément familial de traitement et de l'indemnité de résidence ainsi que des primes et indemnités calculées au prorata de sa durée effective de service".

2- La NBI

L'article 3 du décret n°93-863 précité précise que "pour le calcul de l'indemnité de résidence et du supplément familial de traitement, la nouvelle bonification indiciaire s'ajoute au traitement indiciaire de l'agent. Elle est réduite dans les mêmes proportions que le traitement en cas de travail à temps partiel."

Dans la mesure où, en cas de service à temps partiel pour raison thérapeutique, l’agent perçoit l’intégralité de son traitement, il percevra également l’intégralité de la NBI.

3- Le régime indemnitaire

La circulaire du 1er juin 2007 précitée indique que les primes et indemnités sont calculées au prorata de la durée effective de service.

Par ailleurs, elles ne peuvent être allouées que dans la mesure où les conditions d’attribution fixées par le texte institutif et l’assemblée délibérante sont remplies (CAA Paris, n° 00PA00168, 26/11/2002, Mme Mazurier c/ Foyer de l’Enfance de Meaux).




Notes :

[1]Portant dispositions statutaires relatives à la fonction publique territoriale

[2]relatif aux conditions de mise en oeuvre de la nouvelle bonification indiciaire dans la fonction publique territoriale
[3]relatif au régime de maintien des primes et indemnités des agents publics de l'Etat et des magistrats de l'ordre judiciaire dans certaines situations de congés

[4]relatif aux indemnités horaires pour travaux supplémentaires
[5]relatif à l'indemnité forfaitaire pour travaux supplémentaires des services déconcentrés

[6]relatif à l’indemnité d’administration et de technicité
[7]portant création d'une indemnité d'exercice de missions des préfectures

[8]portant droits et obligations des fonctionnaires

[9]pris pour l'application du premier alinéa de l'article 88 de la loi du 26 janvier 1984 portant dispositions statutaires relatives à la fonction publique territoriale
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Dernière modification  : 25/07/2012